Een nadeel van een gasboiler is dat het gebruik van gas bijdraagt aan de uitstoot van broeikasgassen, met name kooldioxide (CO2), die bijdragen aan de opwarming van de aarde en klimaatverandering. Dit is een algemeen nadeel van het gebruik van fossiele brandstoffen zoals gas, die niet hernieuwbaar zijn en bijdragen aan de uitputting van natuurlijke hulpbronnen.

Een ander potentieel nadeel van een gasboiler is dat er een risico op koolmonoxidevergiftiging bestaat als de boiler niet goed wordt onderhouden of geïnstalleerd. Koolmonoxide is een gevaarlijk gas dat kan leiden tot misselijkheid, hoofdpijn, duizeligheid en in ernstige gevallen zelfs tot de dood.

Tot slot kan de prijs van gas en de afhankelijkheid van de gaslevering ook een nadeel zijn van een gasboiler, afhankelijk van de locatie en de beschikbaarheid van gas in de omgeving.

Er zijn alternatieve opties beschikbaar, zoals een warmtepomp of zonneboiler, die minder afhankelijk zijn van fossiele brandstoffen en een duurzamer alternatief kunnen zijn.